Началом истории спортивного клуба Черноморского флота стал 1924 год. 1 августа 2014 года 175-й центр (морской и физической подготовки) Черноморского флота переформирован в Спортивный центр (морской и физической подготовки г. Севастополя) ФАУ МО РФ ЦСКА, 18 октября 2019 года Спортивный центр реорганизован в Филиал ФАУ МО РФ ЦСКА (г. Севастополь).

Спортивный центр также располагается в г. Геленджик Краснодарского края. 

При филиале функционирует две спортивные школы (олимпийского резерва, комплексные): в г. Севастополе и г. Геленджике.

В Севастополе дислоцируется спортивная рота ЦСКА.

На сегодняшний день в филиале культивируются 5 вида спорта: парусный спорт, плавание, рукопашный бой, спортивное ориентирование, художественная гимнастика.

Наиболее значимые спортивные объекты: спортивный комплекс (плавательный), спортивная база (стадион «Металлист»), водно-спортивная станция, Оздоровительный комплекс «Омега», спортивный центр в г. Геленджик с универсальным спортивным залом, площадкой для мини-футбола, теннисными кортами и местами для проживания спорсменов.

Крупнейшие спортивные мероприятия, проводимые на базе филиала: чемпионаты и Кубки СССР по парусному спорту, гребно-парусному многоборью, гребле на ялах, водно-моторному спорту, подводному ориентированию. Первенства ЧФ по парусному спорту (максимальное количество участников — 1680 человек). Регаты крейсерских яхт «Кубок Крыма», «Дружба», Nova Cup. Чемпионаты и первенства города Севастополя по парусному спорту среди детских, олимпийских классов и крейсерских яхт, мини-футболу, футболу, плаванию.

Прославленные армейцы А. Брачев, В. Манкин, С. Матевушева, М. Оберемко, Г. Прозуменщикова, С. Тимохов, А. Токарев, М. Токарев являются выходцами из филиала.

С июня 2020 года на должность начальника филиала ЦСКА/Севастополь назначен Чесноков Олег Владимирович.