«Записки по гидрографии» имеют глубокие исторические корни, их появление более 170 лет назад обусловлено важными для России событиями первой половины 19-го столетия. В 1802 г. в стране было создано Министерство морских сил, и на его основе сформирован Комитет образования флота. 11 (23) февраля 1842 г. начальник Главного морского штаба адмирал А.С. Меншиков утвердил представление директора Гидрографического департамента А.Г. Вилламова об издании особых записок под названием «Записки Гидрографического департамента Морского министерства», в которых, кроме отчетов о гидрографических работах, разрешено было помещать статьи морских офицеров по вопросам гидрографии и мореплавания. Эта дата и является датой учреждения современного сборника «Записки по гидрографии».

«Записки по гидрографии» — журнал, уникальный во многих отношениях. Он является одним из старейших не только флотских, но и вообще научных изданий. Например, он старше «Морского сборника», издающегося с 1848 г., и журнала «Известия Русского географического общества», первый номер которого вышел в 1865 г.

«Записки по гидрографии» сегодня имеют весьма широкий профиль, соответствующий интересам гидрографов и штурманов ВМФ и Российского флота в целом.