В 1800 году в городе Брянске был заложен лазарет Арсенала артиллерийской государственной экспедиции на 60 коек.

В 1825 году лазарет увеличивает свою сеть до 90 коек и в 1829 году преобразован в полугоспиталь на 75 коек. Он просуществовал до 1869 года. Все эти годы в лазарет поступали в основном нижние чины, члены их семей и гражданские лица города.

В 1905 году Брянский лазарет выводится из подчинения арсеналу и передаётся в прямое подчинение военно-медицинской службе Московского военного округа.

В 1915 году Брянский лазарет переформирован в военный госпиталь до 600 коек.

В 1924 году Брянский лазарет переформирован в Брянский местный гарнизонный госпиталь на 150 коек. В таком качестве он просуществовал до 1941 года.

В 1941 году госпиталь переформирован в эвакогоспиталь № 1016 на 500 коек. В августе 1941 года госпиталь передислоцировался в Курск и был подчинён 13-му местному эвакопункту и развернулся на 800 коек. Был создан учебный центр по подготовке санинструкторов в количестве 250 человек. Занятия проводились по трёхмесячной программе.

В октябре 1941 госпиталь передислоцировался в город Свердловск, развёрнут на 700 коек, работал как прирельсовый сортировочный госпиталь.

20 мая 1944 года по распоряжению Главного военно-санитарного управления Красной Армии перебазирован в город Воронеж. Подчиняясь Орловскому военному округу, госпиталь утратил прежнее имя Брянского-Свердловского и получил новое название по новому месту своей дислокации – Воронежский.

В 1946 году переведен на штат Воронежского гарнизонного военного госпиталя Московского военного округа (далее – МВО) на 300 коек.

В 1949 году госпиталь переформирован по штату Окружного военного госпиталя Воронежского военного округа на 300 коек.

В 1960 году переведен на штат гарнизонного военного госпиталя МВО на 430 коек.  В 1972 году переведен на штат гарнизонного военного госпиталя МВО со штатом на 400 коек.

В 1984 году переведен на штат гарнизонного военного госпиталя МВО со штатом на 500 коек.

В 1993 году переведен на штат гарнизонного военного госпиталя МВО ёмкостью 600 коек.

В 2002 году переведен  на штат  базового военного госпиталя  на 550 коек.

С 1 декабря 2009 года  госпиталь развернут на 400 коек.

С 2010 года госпиталь становится филиалом №3 Федерального государственного казённого учреждения «1586 военный клинический госпиталь» Минобороны России.

С 01.01.2015 года госпиталь реорганизован в Федеральное государственное казённое учреждение «416 военный госпиталь» Минобороны России , развернут на 660 коек, штатной численностью 1626 человека гражданского персонала, 28 военнослужащих.

Госпиталь является базовым в Воронежской зоне Центрального направления и является ответственным за организацию медицинского обеспечения на территории Воронежской, Липецкой, Курской, Белгородской и Орловской областей.

В его состав вошли:

Филиал   №1 ФГКУ «416 ВГ» МО РФ  (г. Курск, улица Ленина, 25)

Поликлиника (№1 г. Воронеж ,улица Комиссаржевской, 3)

Поликлиника (№2 г. Воронеж , Московский проспект, 39)

Поликлиника (№3 со стационаром на 20 коек, Воронежская область, г. Острогожск)

Поликлиника (№4 Курская область, п. Маршала Жукова)

Поликлиника (№5 со стационаром на 30 коек, г. Борисоглебск)

Поликлиника (№6 г. Липецк)

Поликлиника (№7 г. Белгород)