Госпиталь сформирован в мае 1946 года и получил наименование 114 Центральный авиационный госпиталь истребительной авиации войск ПВО страны. В последующем большую часть времени он осуществлял свою деятельность как 114 Окружной военный госпиталь Московского округа ПВО. С августа 1999г. госпиталь переформирован в 5 Центральный военный клинический госпиталь Военно-Воздушных Сил.

На основании приказа Министра обороны РФ № 105 от 1.04.2010 года и ДГШ ВС РФ № 314/6/817 от 5.03.2010 года 5 ЦВКГ (ВВС) преобразован в филиал № 1 (на 640 коек) ФГУ «Главный военный клинический госпиталь имени академика Н.Н Бурденко Министерства обороны Российской Федерации».

Во исполнение приказа Министра обороны Российской Федерации от 27 мая 2013г. № 398 «О создании и ликвидации филиалов федеральных государственных казенных учреждений Министерства обороны Российской Федерации» подготовлен ликвидационный акт расформирования филиала № 1 ФГКУ «ГВКГ им. Н.Н. Бурденко» Минобороны России. Сформирован филиал №1 ФГБУ «3 ЦВКГ им. А.А. Вишневского» Минобороны России.