Директивой начальника Генерального штаба ВС СССР от 31.12.1964 года № ОРГ 9/113725 утверждён и с 25.12.1965 года введён в действие штат 33 гарнизонного лазарета (войсковая часть 08321) на 25 коек численностью 2 офицера и 27 служащих.

В целях улучшения организации медицинского обеспечения и более целесообразного использования медицинского персонала 33 гарнизонный лазарет был объединён с лазаретом поликлиники 12 ЦНИИ ВС СССР и стал функционировать, как объединенный лазарет.

В соответствии с директивой начальника Генерального штаба ВС СССР от 03.12.1965 года № ОГР 9/47471 объединенный лазарет был расформирован. На его базе, по штату 27/420, был сформирован 1080 военный госпиталь на 50 коек, численностью 6 офицеров и 68 служащих.

Директивой начальника Генерального штаба ВС СССР от 12.05.1973 года № 314/4/00704 , 1080 военный госпиталь был переведен на штат № 6/409 – ёмкостью на 100 коек.

Директивой начальника Генерального штаба ВС РФ от 01.05.1993 года № 314/4/01146, 1080 военный госпиталь (ёмкостью на 250 коек) был переформирован в 1080 Центральный военный госпиталь на 400 коек (войсковая часть 08321) численностью в 50 военнослужащих и 367 должностей гражданского персонала.

Филиал госпиталя (о. Новая Земля) основан на базе лазарета в 1956 году на основе военно-морского госпиталя. В 1993 году переформирован в 1942 ВМКГ – войсковая часть 40703, а в августе1998 года - в 1067 военный госпиталь на 150 коек (войсковая часть 83159) 12 Главного управления Министерства обороны Российской Федерации.

В соответствии с директивой Генерального штаба ВС РФ от 30.08.2007 года № 314/3/0308 с 01.12.2007 года проведены организационные мероприятия по формированию филиала госпиталя на 150 коек на Центральном полигоне РФ (о.Новая Земля), а также по переподчинению госпиталю 144 Центральной поликлиники 12 ГУ МО РФ, 55 ЦГСЭН 12 ГУ МО РФ и 5 ВВК 12 ГУ МО РФ.

Решением Правительства РФ от 12.08.2008 года № 1134-р госпиталь преобразован в Федеральное государственное учреждение.

В соответствии с директивой Генерального штаба ВС РФ от 22.10.2009 года № 314/5/3986 с 01.12.2009 года госпиталь переведён на штат № 49/153 с численностью личного состава 860 человек (81 военнослужащий и 779 – гражданский персонал).

Приказом Министра обороны РФ 2011 года № 605 госпиталь реорганизован путём присоединения к ФГУ "Главный военный клинический госпиталь имени академика Н.Н. Бурденко Министерства обороны Российской Федерации" в качестве территориально обособленного структурного подразделения и получил наименование: госпиталь (для обеспечения 12 ГУ МО и Центрального полигона о. Новая Земля, г. Сергиев Посад-7, Московская область).

Приказом начальника ГВКГ им. Н.Н. Бурденко Минобороны России 2012 года № 5 госпиталю присвоено наименование «Структурное подразделение № 2». В соответствии с приказом Министра обороны РФ от 01.09.2013 № 398 структурное подразделение № 2 реорганизовано в филиал № 4 (Московская область, г. Сергиев Посад-7) ФГКУ «ГВКГ им. Н.Н. Бурденко» Минобороны России. В его состав в качестве структурных подразделений вошли поликлиника № 8 (Московская область, г. Сергиев Посад-7) и поликлиника № 14 (Московская область, г. Юбилейный).