Приказом Командующего и Военного Комиссара Северной военной флотилии в 1936 году отделение Мурманского ВМГ в городе Полярный было переименовано в Военно-морской госпиталь.

В 1941 году госпиталь был передислоцирован из старого Полярного в Новый Полярный.  В 1955 году он переименован в 1469 военно-морской госпиталь Северного флота.

В 1962 году госпиталь был передислоцирован в г.Североморск Мурманской области.

В 1982 году Главный военно-морской госпиталь Северного флота был занесен в Книгу почета Тыла Вооруженных Сил СССР.

В 2004 году госпиталь получил статус Военно-морского клинического госпиталя Северного Флота.

В настоящее время 1469 военно-морской клинический госпиталь – это многопрофильное специализированное лечебное учреждение Северного флота, важнейшей задачей которого является оказание доступной и качественной медицинской помощи военнослужащим, пенсионерам Минобороны России и членам их семей.

Начальник госпиталя – полковник медицинской службы Шевченко Александр Григорьевич.