В госпитале функционирует более 40 лечебно-диагностических подразделений по основным направлениям клинической медицины; центры – анестезиологии, реанимации и интенсивной терапии, кардиологический, рентгеновский, восстановительного лечения; специализированные хирургические отделения (сосудистое, рентгенэндоваскулярной хирургии, лапароскопичсской хирургии, проктологическое, нейрохирургическое, челюстно-лицевой хирургии и стоматологии и др.); терапевтические (гастроэнтерологическое, неотложной терапии, пульмонологическое, кардиоревматологическое, эндокринологическое, традиционной терапии, инфекционное, туберкулезное, психиатрическое, неврологическое, военно-врачебной экспертизы военных специалистов и др.), гипербарической оксигенации, эндоскопическое, «Искусственная почка», лабораторное, функциональной диагностики, экспериментальная лаборатория с виварием, физиотерапевтическое отделение, аптека и др. подразделения обеспечения, интернатура медицинского состава.